Regresa el zorro espacial más famoso de los videojuegos con su equipo, dispuesto a demostrar todas sus habilidades como piloto en Nintendo DS. Nuestra misión en Starfox Command es la de escolta de la nave principal, la cual hemos de trasladar de planeta protegiéndola de posibles amenazas, ya que ella apenas puede defenderse por sí sóla, así que un grupo de cazas espaciales capitaneados por nuestro protagonista han de hacer el trabajo de limpiar el camino.

En nuestro viaje de punta a punta a través del espacio vamos afrontando diferentes misiones que nos encarga el comandante de la nave.